Una vez desarrollados varios de los folículos y con crecimiento de más de 18 mm, se administra un medicamento para propiciar la ovulación. Entonces la paciente es manejada en un quirófano, bajo sedación o anestesia general, según sea el caso, y se procede a la obtención de los óvulos. A lo largo del tiempo ha ido cambiando la forma de obtener estos óvulos. Inicialmente se hacía mediante cirugía abdominal y viendo directamente los ovarios. Hoy por hoy la mejor técnica es la aspiración endovaginal con guía ultrasonográfifica transvaginal con una aguja especial conectada a un sistema de aspiración. Ingresa el transductor ultrasonográfico con una guía metálica para la aguja a la pared vaginal, previo aseo vaginal, y con la aguja se punciona la pared vaginal a fin de llegar a los ovarios y a cada uno de los folículos para puncionarlos y aspirarlos, y al mismo tiempo obtener al óvulo que contienen.
Tras el paso de varios días, en promedio 3 a 5, se seleccionan a los embriones que muestran la mejor morfología y la normalidad de la misma para colocar vía vaginal con una cánula especial para el fin, embriones en el endometrio de la paciente (el útero). El término “in vitro” significa “en cristal”, usándolo para nombrar este procedimiento porque en sus comienzos esta técnica se efectuaba en recipientes de cristal sustituyéndolos hoy en día por placas de cultivo de plástico especial. Las indicaciones son: